"Une carte au trésor du génome du dodo": grâce à une nouvelle plateforme d'IA, Colossal Biosciences veut faire revivre cet oiseau incapable de voler
Le dodo n’a pas foulé la Terre depuis des siècles. Mais cette époque est bientôt révolue. Pour tenter de ressusciter cet oiseau incapable de voler, disparu au XVIIe siècle, Colossal Biosciences mise désormais sur l’intelligence artificielle. La jeune pousse américaine a dévoilé mercredi 14 octobre GenoMorph, un outil destiné à identifier les modifications génétiques qui pourraient permettre de recréer certaines caractéristiques d’espèces éteintes, révèle TechCrunch.
Car faire revivre une espèce ne consiste pas simplement à retrouver son ADN et à le recopier. Encore faut-il comprendre quelles différences génétiques lui donnaient ses caractéristiques propres, puis déterminer comment les reproduire chez un animal vivant. Un défi particulièrement difficile puisque les scientifiques disposent souvent de très peu de matériel génétique ancien.
Une carte au trésor du génome du dodo
En effet, Colossal Biosciences ne dispose actuellement que d’un seul génome de cet oiseau, contre une centaine pour son projet consacré au mammouth laineux. En effet, les températures froides favorisent la préservation de l'ADN, tandis que les environnements tropicaux, dans lesquels vivait le dodo, compliquent sa récupération.
"Normalement, les scientifiques peuvent comparer de nombreux génomes pour comprendre quelles différences génétiques sont responsables de certains caractères", explique Ben Lamm, cofondateur et PDG de Colossal Biosciences.
Mais avec des espèces disparues dont l’ADN est particulièrement rare, cette méthode atteint ses limites.
C'est là que GenoMorph intervient. La plateforme combine des données de génomique comparative, des mesures morphologiques en 3D et des informations sur le développement des organismes. L'objectif? Repérer les régions de l’ADN susceptibles d’expliquer les traits physiques distinctifs d’une espèce disparue.
Pour entraîner son IA, l’entreprise a rassemblé des données sur le développement de plusieurs oiseaux, comme des poulets, des cailles, des canards et des pigeons. Elle les a ensuite "croisées avec des informations génétiques et des mesures 3D du crâne de plus de 70 espèces d’oiseaux". Un travail qui a nécessité plus d’un an de développement.
"L’IA apprend quelles régions de l’ADN sont actives lors du développement du bec et des structures faciales chez différents oiseaux", détaille le cofondateur de l'entreprise. À partir de ces observations, l'algorithme peut prédire quels mécanismes génétiques ont pu contribuer à donner au dodo son apparence si particulière. De quoi faire de la plateforme une "carte au trésor du génome du dodo".
De la prédiction à l’expérimentation
Mais Ben Lamm insiste: "Identifier une modification potentielle ne signifie pas que nous l’introduisons immédiatement chez un animal ou que nous supposons qu’elle est sans danger", souligne-t-il. Colossal Biosciences affirme avoir ainsi identifié environ 2.300 cibles prometteuses pour modifier l’ADN impliqué dans la morphologie du crâne et du visage de l’oiseau. Ces prédictions doivent désormais être vérifiées en laboratoire et confrontées à la réalité biologique.
Pour ça, l'entreprise a développé un système utilisant des nanoparticules lipidiques afin d’introduire des outils de modification génétique directement dans des embryons d’oiseaux en développement. Colossal Biosciences espère ainsi observer plus rapidement les effets de certaines modifications, "sans avoir à attendre la fin d'un cycle de reproduction complet qui nécessite que les oiseaux atteignent la maturité sexuelle".
En parallèle, la start-up a annoncé que sa colonie de pigeons de Nicobar, le plus proche parent vivant du dodo, compte désormais 36 individus. Colossal affirme également avoir créé des cellules précurseures capables de donner naissance aux ovules et aux spermatozoïdes. Une étape importante pour ses travaux sur la reproduction aviaire.
L’objectif? Réunir ces différentes avancées pour tenter de produire des oiseaux présentant des caractéristiques du dodo. Mais le chemin reste long entre les prédictions d’un algorithme, les modifications effectuées en laboratoire et l’obtention d’un animal viable.
La désextinction, une ambition qui dépasse le dodo
Au-delà de cet oiseau disparu, Colossal Biosciences, qui ambitionne de faire renaître plusieurs espèces éteintes, cherche à mutualiser les technologies développées pour ses différents programmes. La plateforme d'IA pourrait ainsi être utilisée pour faire revivre les mammouths laineux.
Cette approche suscite aussi l’intérêt d’investisseurs. Peter Diamandis, fondateur du prix XPRIZE et investisseur de Colossal, a annoncé la création de NeoGenesis Capital, une société de capital-risque destinée à soutenir des entreprises utilisant la plateforme de biologie programmable de Colossal dans les domaines de la santé, de l’agriculture et de la conservation.
Une manière de prolonger les applications potentielles de ces recherches bien au-delà de la résurrection d’animaux disparus. Pour l’heure, toutefois, GenoMorph reste un outil de prédiction. Ses milliers de cibles génétiques ne sont pas autant de promesses de résurrection. Le dodo n’est donc pas encore près de retrouver son île.